就在帕杰罗等待军事派和科学家派相互和解，然后携起手为帕杰罗科学发展做出贡献的时候，两派之间的仇怨却越来越激烈。两派不但在媒体上相互指责对方，相关的行动也开始展开。经过五十多年的发展，两者更是到了不死不休的地步。每一次召开会议的时候，双方就会开始无休止的争吵。
以至于那些秉持中立立场的帕杰罗人不得不选边站队，因为一旦他们不做出明确的选择, 就会在这场战争中被当做异类对待。
没错，当帕杰罗人终于从咕嘟兽的阴影下挣脱出来后，又陷入了内部的分裂。原来只是两派人对于帕杰罗文明发展途径的争论，正式开始撕裂帕杰罗文明。
由于帕杰罗军事派掌控了大部分军队，他们自然拥有了天然的优势，逐渐占据上风, 毕竟再利索的嘴皮子也不可能比一颗子弹厉害。
军事派掌控着的军队开始封锁科学派的实验室, 并且向外界宣告那些科学家们正在制作可以屠杀所有帕杰罗人的武器。这是一个相当荒谬的借口，因为帕杰罗人当时正处于一级文明的顶端，能制作出来的威力最大的武器也只不过是核武器，压根无法对全帕杰罗人造成伤害。所以大部分帕杰罗人压根不相信。不过帕杰罗军事派并不指望他们相信，他们只需要一个借口，一个可以大肆屠戮科学家们的借口。
没错，帕杰罗军事派已经对于让科学家们臣服失去了耐心，他们决定从肉体上把这些顽固的科学家们消灭掉。
于是，军事派开始筹划计划，不过他们也知道这次行动会引起巨大轰动，可能会让大部分帕杰罗人反感，于是在任务执行的时候，必须静悄悄的，更加关键的是，必须选择一个帕杰罗大科学家都聚在一起的场所。因为只有那样才能一举把那些顽固的科学家们歼灭。
和咕嘟兽的战争中，军事派的领导人变得异常有耐心，他们等待了足足五年，终于等到了帕杰罗大科学家们聚集在一起机会，然后立刻迫不及待的发动攻击。
所有的耐心总会有所回报, 待帕杰罗军事派把那个用作实验室的地堡团团围住的时候, 大部分科学家都在地窖里。面对全副武装的士兵，科学派的科学家们开始拿起武器全力反抗，当然，战争的结果以帕杰罗科学家们的失败而告终，他们留下的只是一具又一具尸体，然后军事派的人又用燃料把地窖全部都清洗了一遍，直到地窖内看不出任何战斗的痕迹，所有的士兵才算是撤出地窖。
然后军事派的首领对外发布消息，声称帕杰罗科学派的大科学家们在一次实验中，一不小心，意外事故导致了实验失败，而实验失败的结果就是发生了一场大爆炸，所有参与实验的大科学家们都在爆炸中死亡了。
这是一个蹩脚到极点的借口，因为所有的帕杰罗人都知道一件事情，那就是帕杰罗科学院的大科学家们一向很谨慎，他们从来不会让自己置于危险的境地。在咕嘟兽同志帕杰罗星时期，那些科学家们在简易的实验室里就可以制作出高能炸弹。从来没有发生过任何意外事故, 从来没有。
但是，就在这个地堡中，这个拥有无数精密设备的地堡中, 参与实验的人还都是帕杰罗最优秀的大科学家，他们绝对不可能会出现任何失误。
不过至于那些帕杰罗人是否会相信这种荒谬的说法已经不重要了，因为帕杰罗军事派只是需要一个借口。一个可以让帕杰罗人都能够接受的理由。结果已经发生，那么全体帕杰罗人只能默默接受。
事实上也是如此，普通的帕杰罗人对于两派之间的争斗早已厌烦，现在他们只希望给过平静的生活，无论是哪个派系获胜和他们的关系都不大，至少他们自己是这么认为的，只要他们每天有足够的食物，足够的淡水，每天可以正常的工作，可以养活老婆孩子，所有的一切都无所谓。
所以，帕杰罗军事派屠戮帕杰罗科学派并没有在帕杰罗文明中引起任何轰动，但是那些没有参加这次实验的科学家们确实寒透了心，他们这个时候明白过来，帕杰罗军事派在消灭了那些科学家们后，下一步就要对他们下手。但是此刻他们看不到任何出路，因为经过长期的策划，帕杰罗军事派已经在帕杰罗文明中占据统治地位，他们掌控了百分之八十的帕杰罗军事力量，而现在科学派的首领已经死亡，从此之后再没有人可以和他们相竞争。于是那些失望的科学家们，只能选择了一种极端的行为，那就是逃走。当然，他们并不是逃到其他的地方，因为现在帕杰罗军事派已经完全掌控了整个帕杰罗，他们那样做也许能够躲过一时，却很快就会把发现并抓起来。
那些科学家们知道只有逃到太空中，寻找到一颗新的星球才能幸存下来。而且这个时候，帕杰罗科学家们已经研究出了一种使用高能燃料推送的太空飞船，正准备尝试帕杰罗文明的第一次太空探索之旅。于是这艘本来用来做科学探索的飞船，经过紧急改造变成了一艘载人飞船。
虽然从理论上讲，飞船完全可以承载两万名科学家飞向太空，但是所有即将登陆飞船的科学家都明白一件事情，那就是这次的太空之旅成功的几率微乎及微，原因有很多方面，其中主要有两个，一个是虽然从理论上讲，这艘名为初始的飞船确实可以在高能燃料燃烧时产生的巨大气流的推动下，脱离帕杰罗星引力的作用，飞到太空中，但是从来没有人做过这样的实验，而飞船又是一种极其复杂的机械，它的内部又数百万零件组成。这么多零件在运行的过程中，必然会出现各种各样的错误。在陆地上一旦出现错误，只要找到原因，很快就可以修复了，并不会产生任何不良的影响。但是在太空中，出现错误，那么等待这两万人的就是死亡。
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另一个是，即使初号飞船成功飞到太空中，也很难发现适宜居住的星球，因为帕杰罗科学家经过数千年的研究，发现在一千光年内，并没有适合帕杰罗人生存的星球存在。根据帕杰罗科学家的研究发现，一颗星球如果想成为宜居星球，必须要拥有足够的水源和可以产生营养物质的有机化合物，当然富含氧气的空气也是必不可少的。而这时，帕杰罗科学家们并没有在短期改造星球的能力，他们只能把希望寄托于奇迹。
于是，震惊帕杰罗文明的大事件就在这种背景下发生了，两万名科学家乘坐着初始号飞上了太空，从此再也没有出现过，留给帕杰罗文明的只有一束橙色尾焰。
两万名科学家的出逃震惊了整个帕杰罗文明，他们都是科学界的精英，一下子从帕杰罗文明中消失，这样巨大的人才空缺，必然会导致帕杰罗文明的退步。大量的科学研究停滞下来，各种高端机械没有技术人才操纵，更加严重的是，那个时候帕杰罗文明的农业大部分采用了转基因育种的方法，由于缺少科学家们培育种子，当年，帕杰罗的农夫们甚至没有足够的种子洒进田地里，没有了种子也就没有了食物，于是大饥荒发生了，短短两年，足有两亿帕杰罗人缺少足够的食物而死亡。
在这种情况下，帕杰罗人也明白过来，帕杰罗军事派对帕杰罗科学派的打压并不是和他们毫无关系，于是一场规模浩大的反抗行动爆发了。军事派的簇拥着和科学派的簇拥着在此后长达五百年的时间里，互相攻击，整个文明正式被撕裂。
虽然帕杰罗军事派掌控了帕杰罗文明的大部分武器和战机，可以横扫任何一个反抗势力，但是操纵那些武器的也是帕杰罗人，而帕杰罗人需要食物。于是随着时间的发展，越来越多的帕杰罗人意识到帕杰罗军事派打压帕杰罗科学派是一个错误的决定，越来越多的人认为应该由帕杰罗科学派统治帕杰罗文明。就这样随着时间的推移，那些残存下来的科学家逐渐掌控了全局，当他们把那些投诚的帕杰罗军事人员纳入麾下的时候，帕杰罗科学家们知道反攻的时刻到了，他们经过上次的教训，早已放弃了和军事派妥协的想法，于是一场更加残忍的攻击开始了。
一队队帕杰罗军人被派出去执行任务，他们的命令只有一个，就是把军事派首领的脑袋带回来。没错，科学家总是理性的，他们不认为活着的军事派首领有任何价值，反而会产生不必要的麻烦。科学家们可以在簇拥者的保护下幸存下来，并且发动绝世大反攻，那么军事派的首领也可以这样做，所以最好的做法就是斩草除根。
于是，一场大屠杀产生了，屠杀的对象除了帕杰罗军事派的首领，还有那些军事派的附庸，并且随着时间的推移，屠杀的规模越来越大，很多和帕杰罗军事派有稍许关联的人也上了屠杀名单。
一时间，整个帕杰罗星都淹没在鲜血中，连空气中都弥漫着血腥的味道。
终于，当最后一个与帕杰罗军事派有关系的帕杰罗人的脑袋坠入河水中后，这场大屠杀才算落下帷幕，从此之后帕杰罗科学院正式掌控整个帕杰罗文明。
科学院进行了内部选举，十位在战争中有卓越贡献的科学家被选举为元老科学家，他们被赋予大科学家的名号。
当然，帕杰罗科学院的大科学家们也没有忘记那两万名逃走的科学家，对于大科学家们来说，那两万人是他们的同类。而对于同类，帕杰罗科学家们总是照料得很好。
于是，帕杰罗科学院的大科学家们开始展开一个名为寻找者的项目，他们根据初始号在发射时，留下的些许资料，开始寻找初始号的踪迹。但是由于已经过了近百年，大部分痕迹已经消失，所以帕杰罗科学院并没有得到任何有效的信息。还是等到帕杰罗文明发展到三级文明的顶峰，才从宇宙背景回馈中发现了端倪，起始号在宇宙中消失的位置，是一片空旷的星域。
帕杰罗科学院经过仔细计算，得出了一个不可思议的结果，那就是起始号前一秒还喷发着橙色的火焰在宇宙中恬静的航行，下一秒就突然消失在这个宇宙中，就像是被一只无形的大手用橡皮擦掉了一样。这完全违背了帕杰罗科学院对科学的认知，因为在大科学家们看来，这个宇宙是有规则的，任何事物，任何事件都会遵循规则。如果一件事情莫名其妙的发生，那么它的背后必然有着不为人知的规则。
于是，帕杰罗科学院派遣出上千艘勘察飞船对那片星域进行了全方位勘探，他们动用了所有能想象到的仪器，甚至还派出了两百名科学预测家。
科学预测家是当时帕杰罗文明中一种独特的职业，它的名字中虽然带着科学两个字，实际上做的事情却和科学没有任何关系。在当时的帕杰罗文明中，人们认为科学是一种神秘的事情，是一种宇宙的语言，那么是不是有一种人，可以偶然通过冥想的方式听到这种语言呢。
在这种猜测下，一些帕杰罗人声称他们可以预测即将发生的事情，当然，为了避免被帕杰罗科学院惩处，他们会声称自己是根据科学作出了预测。当然，对于科学预测家的话，帕杰罗科学院的大科学家们是一点都不相信，不过考虑到那些所谓的科学家只不过糊弄一下普通帕杰罗人，并不会产生任何严重的后果，大科学家们也就睁一只眼闭一只眼了。
当起始号飞船神秘从宇宙中消失的事情传了出去后，一些帕杰罗人开始建议使用科学预测家来解释这种事情。