小智他们在蓝普尔其市逗留了一整天后，第二日就再次踏上了旅途。到码头后他们才知道，上一艘通信船在三人的眼前开走了！距离下一艘通信船还有三个小时。
“湛蓝的天空！”
“白色的云！”
“一望无际的大海！”
小霞叹了口气道：“要是那艘船不是通信船的话，我们......”
小智安慰道：“不就多等三个小时吗？问题不大，我们现在找家店休息一下如何？”
小刚道：“也只能如此了！”
小智他们正想看看附近有没有什么店可以供他们休息的时候，皮卡丘拉了拉小智的裤脚：“皮卡皮，皮卡。”
小智回过头，看见了水中有一只墨海马。
小霞眼里冒着星星，看着墨海马有着说不出的喜欢：“哇！是墨海马吧！只要是水系宝可梦都好可爱啊！”
小刚道："你们看它的眼睛，它好像受伤了。"小刚说的是墨海马的眼睛，似乎被什么打了一样，眼睛一圈青紫。
小霞不由心疼道：“对啊，但是这附近没有宝可梦中心啊！”
小智指着墨海马身边的海面道：“墨海马好像在对我们说什么。”
小霞和小刚看了过来，墨海马在水面上用它的墨汁，画出了两幅画。看外形，一只是玛瑙水母，一只是毒刺水母。
小智呢喃道，玛瑙水母和毒刺水母啊！他要是没记错的话，蓝普尔其市差点毁灭就是因为一只巨大的毒刺水母。
【恭喜宿主猜对，系统任务发布，阻止巨大毒刺水母的报复行为。】
果然！
小智看向小霞：“小霞你先将墨海马收服起来。”
小霞拿出精灵球：“那我就收服墨海马了！去吧，精灵球！”
墨海马没有抵抗就被小霞成功收服。
小霞正兴奋着的时候，小智他们却突然听到一声巨大的爆炸声！是刚刚离港的那艘通信船。小智将卡咪龟和大钳蟹放了出来，随后对小霞道：“我们去救人，小刚开船的工作就交给你了！”
小刚道：“没问题。”
小刚在不远处找到一艘船，小智他们身上所有的水系宝可梦们都去救人了。不多时在所有人的努力下，通信船上的所有人都平安回到了岸边。一名被救的水手道：“谢谢你们救了我们。”
小刚表示道：“这个倒是没关系，只是为什么船会突然爆炸呢？”
水手叹了口气，指着不远处道：“是玛瑙水母和毒刺水母的原因，你们看那边。”
小智三人顺着水手所指的方向看了过去，小霞道：“这是要在水上建房子吗？”
水手解释道：“我们之前的航行从来没有遇到过这样的事，主要原因是这个度假村刚好建在了玛瑙水母和毒刺水母居住的珊瑚礁上，它们没有地方居住，就在附近的地方漂浮着，路过的船或多或少都会受到影响。”
小霞道：“原来墨海马要告诉我们的是这件事啊！”
小智思索了一下，按照前世的事情发展，火箭队的人要受到那个度假村的社长雇佣，用国产三杯醋去对付毒刺水母，然后就是变大的毒刺水母的报复。如果想要阻止这件事情，首先需要将火箭队的三人打飞，再联系君莎小姐。
小智道：“小刚，事情已经危及到了毒刺水母它们的生活了，还是要联系君莎小姐。”
小刚拍着胸脯表示自己一定将这件事办好，毕竟要去见君莎小姐嘛！小刚就先行离开了。
一辆游艇从小智身边掠过，小智的余光确定了就是火箭队三人。
小智将身上所有的宝可梦都派了出来：“大家将火箭队打飞，不必留手。”
武藏看着身后追着的宝可梦们，道：“是小鬼头的宝可梦们！”
小次郎正在开着船：“我们这次又没有打他宝可梦的注意，只想赚点外快而已，怎么这样都不行。”
喵喵道：“加快速度，小鬼头的只带着卡咪龟和巨钳蟹两只水系宝可梦，顶多在加上一只比比鸟，我们怕什么？”
武藏道：“说的是，阿柏蛇用毒针。”
小次郎也道：“瓦斯弹用毒瓦斯。”
武藏和小次郎把阿柏蛇和瓦斯弹派了出来。
喵喵趁机将国产三杯醋倒进了海里，瓦斯弹和阿柏蛇拖住了比比鸟它们前进方向，一时之间比比鸟它们还判断不了火箭队的位置。在比比鸟使用出起风将毒瓦斯吹散的时候，喵喵已经将东西完全倒进了海里。
一只体型比较大的玛瑙水母就刚好在喵喵倒醋的正下方，那只玛瑙水母体型急速变大并进化成了毒刺水母，它先是将火箭队的游艇掀翻，将武藏和小次郎连带着瓦斯弹和阿柏蛇一起送走，但它却将喵喵留下了，用它的触手将其缠住。
毒刺水母先是将建在它们家园上的度假村的建筑尽数毁灭，它控制喵喵道：“你们人类毁灭我们的家园，那我们也要毁灭你们人类的家园，让你们也尝尝这是一种什么样的心情！”
小智看着毒刺水母身后越来越高的海浪，现在再解释什么，相信毒刺水母都听不进去了。他唤回宝可梦们，带领着众人一起先去避难了。
小霞站在高楼上喃喃道：“怎么会这样？玛瑙水母它们只是想安静的生活，事情怎么会变成这样？”
小智安慰道：“当务之急是阻止这一切，小霞在小刚回来前，来帮我！”
小霞长长的吸了一口气，在看向小智的时候，眼里无比坚定：“好。”
小智先使用了妙蛙种子的藤鞭将他和小霞送到了这座高楼的屋顶，然后让比比鸟带着皮卡丘在空中先与毒刺水母交流。
皮卡丘的一番话果然让毒刺水母暂时停下了攻击。
小智道：“毒刺水母停手吧！”
小霞道：“毒刺水母你们的意思人类已经知道了！”
毒刺水母控制着的喵喵说话了：“你们人类知道什么？人类毁坏了我们的家园，我们之前都忍了，但人类居然还想将我们赶走，我们又做错了什么呢？”
小智道：“你们没有做错！毒刺水母，你们什么都没有做错，你们想保护家园不受破坏一点都没有错！错的是那些破坏你们家园的人。但请你看看四周吧！你已经将这个城市淹没了大半，怨恨也就会诞生，你毁坏人类的，人类毁坏你们的，这样意义在哪里？”
小霞道：“小智说的对，我们都是抱着人与宝可梦们和谐相处的愿望而出发旅行的训练家，毒刺水母你放心，我们会解决这件事的。”
毒刺水母控制下的喵喵：“我就相信你们一次，如果再次发生这样的事情，下次我就会带领着海里所有宝可梦对人类发起更加猛烈的攻击。”
毒刺水母将触手上的喵喵随手一扔，带领着玛瑙水母们回到渐渐回到了海里。
小智送了一口气：“这件事目前算是暂时解决了，接下来就是要处理那位在海上建设度假村的社长了！”小智的后半句话说的有些阴沉，在他看来人于宝可梦们和谐相处才是最好的。
小霞怒道：“说的是，这样的害群之马要早点解决才是。”
......
君莎小姐对小智他们表示感谢：“小智、小霞、小刚谢谢你们，我们会将破坏的珊瑚努力恢复的，不会让玛瑙水母它们再次失去家园的。”
小智道：“君莎小姐，也要谢谢你们。”
君莎小姐道：“小智你太客气了，你们也放心，那位社长违反了宝可梦保护法，她这一辈子都会在牢里度过了，她的财产也会用于保护这片海域。”
小智道：“君莎小姐，有劳了！”
【任务完成，这次的事件伤害降到了最低，故此奖励翻倍，奖励4000积分，觉醒波导之力。】