小智一行人以对战水管为目标继续着旅行，刚好遇上了浅红市举办华丽大赛，小智顺利夺得了他的第三枚缎带勋章。
现在几人正在浅红市外的森林中略作休息。
小遥抱着她的精灵蛋细心的擦拭着，期待道：“不知道我的精灵蛋什么时候才能孵化出来，真是有些迫不及待了！”
小刚道：“按照时间看，估计差不多了！”
小胜道：“就不知道是什么宝可梦了？是水系的呢？还是火系的呢？”
小遥兴奋道：“不管是什么，只要平安出生就好。”
小智笑笑，他早就知道小遥的精灵蛋中是伊布，只是这个谜题还是等孵化的时候在揭晓吧！皮卡丘和利欧路一只一边的坐在小智的腿上吃着点心，他摸了摸两只的头，利欧路这么开心就已经很好了。
“利欧利欧。”利欧路的耳朵忽然浮了起来，指着不远处的一块岩石说着。
小智道：“是个人类，没关系的。”
“利欧利欧。”利欧路就放心地继续吃着蛋糕。
小刚惊讶地看着小智，问道：“小智刚才利欧路说的你能听懂？”
小遥与小胜也同时抬起头，看向小智。小智解释道：“自从利欧路诞生之后，我就现我能明白宝可梦的意思了。”
小智总不能说自己开挂了吧！
小刚道：“原来如此！利欧路的波导本来就和小智的契合度很高，你们两个在一起或许是觉醒了某种神奇的力量也不一定。”
小胜道：“这种事情真的有可能吗？”
小遥道：“小胜你笨啊！小智这个例子就好好的站在我们面前啊！”
小智道：“那边岩石中的人，快出来吧！我们已经发现你了！”
岩石突然炸开，从中登场了一个身着蓝色忍者服的少年，他还带着一只脱壳忍者。
少年不好意思的走上前，道：“我还以为诸位是在这附近捣乱的可疑人物呢！真的不好意思，所以我才会在岩石里监视诸位的。我叫比久，是宝可梦忍者学院的学生。”
小智四人也纷纷自我介绍道。
小胜感兴趣道：“宝可梦忍者学院？”
比久解释道：“就是与宝可梦一起做忍者修行的学院，如果你们感兴趣的话可以去参加一天的体验入学。”
小遥也极为感兴趣道：“听起来很有意思哎！”
小智问道：“比久，你刚才说在附近捣乱的可疑人员是怎么回事？”
比久道：“森林附近有很多种植蓝橘的田地，这几天晚上都有人目击到有可疑的人来偷蓝橘，等到追过去的时候，人影就钻进了森林失去了踪迹。在下的一个同学今早还说他追过去的时候还听到了哭声。”
小刚道：“这么说来是真的挺可疑的。”
小智四人跟着比久来到森林中央的一座传统建筑更换上了忍者服，参加一日的体验入学。
负责教学的老师是个年轻的女生，她道：“今天按照计划是在森林中进行修行哦！不过大家要注意安全哦！”
小刚趁小胜一个不注意就犯病了，朝那个女生扑了上去：“好好好！”
那个女生尴尬道：“你叫小刚对吧！是来参加一日体验的？”
小刚花痴道：“太感动了！没想到，你这么快就记住小生的名字了！小生能成为市子老师这么漂亮的人的学生，真是太太太太幸福了！”说着小刚就抱住了市子。
小刚觉察到手感不对，硬硬的。小刚惊讶的往后退，这么一个漂亮的女生居然变成了一根木头。
市子已经站在一旁的树枝上道：“怎么样？这就是替身之术哦！小刚你的修行可不能掉以轻心哦！”
小刚失落道：“是。”
市子带领着众人到了一个池塘里，一人给了一个可供呼吸的竹管。小胜和小遥坚持了3分钟就浮出了水面。市子拍手道：“可以了！”
众人才陆续浮出水面。
市子讲解道：“水遁之术的要领，在于让自己与池塘同化，一定要相信自己就是水，才能成功。”
接下来就是寻找隐身的变隐龙，有一个胖胖的学生，没有抓住变隐龙，却抓住了一只爱哭树，这只爱哭树因为害怕而大哭了起来。
“啊，这跟昨晚我听到的哭声一样！”
“这么说偷走我家蓝橘的就是它喽！”
众人被吸引了过去，小刚将爱哭树抱了过去：“先等等，你们看它怕成这样，乖乖！”
爱哭树被小刚哄好了。小智道：“犯人应该不是这只爱哭树哦！”
那个学生道：“可是昨晚我明明听到一样的哭声啊！”
小智和小刚都看出来了，这只爱哭树其实还没有出生多久，连稍微硬一些的宝可梦食物都吃不了，更何况是外壳坚硬的蓝橘了。
小刚道：“我来证明吧！”小刚摘下了一颗蓝橘放到了爱哭树的嘴边，爱哭树摇头拒绝。小刚不知道从哪里拿出来的奶瓶，再次喂给爱哭树吃，爱哭树这次没有拒绝，大口大口的喝着牛奶。
突如其来的一个大手里剑，朝众人飞来，小智无奈道：“都退后，犯人来了！皮卡丘，用铁尾将手里剑打回去。”
皮卡丘从小智肩上跃起，一击铁尾就将手里剑打了回去，不偏不倚插在了火箭队制作的机器人上，电光四射，火箭队三人急忙从机器人上下来，才没有被炸飞。
小智道：“偷吃蓝橘的是不是你们！”
武藏道：“小鬼头你是怎么知道的，我们这两天为了省伙食费嘛！”
小次郎道：“我们最近资金很紧张啊！”
喵喵道：“刚好我们看见有蓝橘就起了打算了喵！”
小刚严肃道：“不可原谅！爱哭树差点被你们几个连累！沼跃鱼，出来吧！使用水波动，打飞他们几个！”
沼跃鱼的水球投向火箭队，不出意外的原地起飞。
“好讨厌的感觉啊！”
“索南斯！”
“玛奈奈！”
小刚的沼跃鱼终于到了进化的时刻，进化成了最终进化型的巨沼怪。
“胡说胡说。”爱哭树突然撞了一下小刚。
小智替爱哭树翻译道：“它希望小刚收服它！”
小刚看向怀中的爱哭树道：“是这样吗？爱哭树。”
“胡说胡说。”爱哭树用它的头连续撞着小刚。
小智继续翻译道：“打赢它才可以哦！”
小刚笑道：“这样啊！好吧！巨沼怪你先回来吧，佛烈托斯换你上场了！”
爱哭树开始对战就使用了假哭，突如其来的撞击命中了佛烈托斯。
“高速旋转！”
佛烈托斯使用了高速旋转将爱哭树撞飞了出去。
“用隐形岩封住爱哭树的行动。”
无数岩石悬浮在爱哭树的周围，让它无法移动。小刚趁机扔出了精灵球，完成了收服。
小刚这个前尼比道馆的训练家，终于收服了一只岩石系的爱哭树，并当起了它的奶爸。
小智一行人完成在宝可梦忍者学院修行的一日体验后，继续朝向对战水管前进。