当方腊又与陈箍桶、方肥等摩尼教首领迅速集结藏匿于帮源洞附近的教众，挥军往外冲杀的过程中，先后遭遇吴玠、王渊等西军军将率部截杀，惨烈突围一番，兵马损失惨重。终于在重重禁军的围剿堵杀之下，于江南率领摩尼教众揭竿而起的方腊，却是为忠州防御使辛兴宗麾下兵马所俘虏，连同教中几员首领人物也尽被生擒活拿。这些时日于帮源洞附近围剿与反围剿的战事之中，被杀的摩尼教徒便达七万之众。
至于另外一个弃守润州，率军走海路南下的摩尼教首领吕师囊，他又转战东南地域侵州夺县，可是却在征讨官军调拨部曲前去征讨之际，于石峡口被宋将姚平仲所部禁军击败，随后吕师囊又与几股摩尼教余部会合奔逃，却被宋军折可存所部人马追击至黄岩县断头山一带，吕师囊据险坚守数日，却被宋军迂回包抄，从高处奇袭杀至，吕师囊所部教众被杀得溃散奔逃，折可存与所部骁将杨震身披重铠、冒矢突阵，力战过后生擒吕师囊，其麾下残存的江南十二神头领也尽皆被杀。
方腊连同其宗族家眷也被押往东京汴梁问罪发落，自然也免不得以造反大罪身遭剐刑而被处死，轰轰烈烈的江南摩尼教起义，至此终以失败而告终。
宋军马步军各部并着军中招讨使臣传下军令，教把生擒到贼徒伪官等众，其余从贼，都就当地市曹斩首施行。招讨众官，又都在睦州治所设太平宴，庆贺众将官僚，赏劳三军将校，传令教先锋头目，收拾朝京，军令传下，各各准备行装，陆续登程。
连同征讨大军主帅童贯在内，本来是前至江南征剿摩尼教各部宋军将官期盼赴京返朝，俱受论功封赏的时期，可是在睦州清溪县郊外，却又发生了一桩变故。
原来在当地县城之外有处瓦窑住着个唤作王娇娇的倡妓，而那处瓦窑所属的村坊社老（村社领袖之意）举报说有个名为杜微的摩尼教贼首曾私访王娇娇，倒也不是要藏匿躲避，而是索要来当初他私养王娇娇这倡妓时于瓦窑内所存放的钱帛，只说如今摩尼教圣公方腊虽然兵败被擒，可他与几个兄弟另有要务要逃离江南，是以前来取盘缠上路。而那社老当即报官，立刻也有搜捕摩尼教余孽的官军大加搜捕，倒也真在清溪县以东十余里开外的地界追查到几个形迹可疑的男女。
当时双方厮杀了一番，而那几个贼人也是各个武艺高超，前去搜捕的官军本来抵敌不得，索性厮杀过一番过后，终于又有千余兵马前去驰援。终于杀了两个负隅顽抗的贼人，只是余者仍要逃遁而去。
睦州府衙核实在逃罪犯真身，传唤被擒拿住的摩尼教徒前去指认杀死的那两个贼人身份，当即也有人供出，当时殿后力战，端的悍猛，只是最终仍是身陷于重重围堵之中被乱刃所杀的，乃是摩尼教中另一员首领人物司行方。
至于另外一个战死的在逃摩尼教头领，竟然是反贼寇首方腊的另一子方天定。
睦州知府、官军招讨使乃至诸部征讨官军主帅童贯闻报大惊，立刻又迭成文案，发出海捕急递的文书，差诸州府衙公人杖限缉捕在逃反贼正身，调动争来做太平宴庆贺的众将官僚，也点拨所部人马追拿在逃的摩尼教余孽。
只不过当时已经延误了几日的功夫，那几个疑似反贼寇首方腊的家眷心腹的男女如石沉大海一般杳无音讯。几日过后，福建路武夷山、温州白云山两处却也有大批人员分批至海滨，乘船渡海，走水路往北而去......
但凡是受命前来征剿江南摩尼教的边庭西军诸部，根据大小战功，各将传报至汴京朝中表奏。期间除了童贯曾召唤屡立战功的西军小太尉姚平仲，两人之间怕是又生出些不足为外人道的龌蹉来，对于宋江所部兵马又是当赏当罚，朝廷那边似乎也很难有个定论。
比起辜负皇恩，如今啸聚诸路反军与朝廷对抗的绿林数山共主萧唐，宋江已是显得微不足道，也不足以引起朝中权奸的猜忌。可是朝中除了宿元景等臣子，对于与这等受朝廷招安的绿林强寇同朝为官也都深感厌恶。前番战事数度惨败于萧唐，如今调拨至江南平定摩尼教匪乱本就是戴罪立功，可是宋江率麾下兵马未曾截击住摩尼教中的首脑人物吕师囊，可是也的确竭力死战，所部兵马也伤亡惨重......
本来宋江也不过只被授了挂名的偏师先锋之职，也无升受品爵，麾下一中头领弟兄，也俱各白身之士。如今也无高俅等权奸从中作梗，挑拨陷害，朝中就连赵佶也念道若是升赏宋江，与理不符，可是若追究他战败之责吧......梁山受招安的这一伙的确是死战萧唐、收剿江南，多负劳苦，这才损折大半，若是降罪并罚，似乎也显不出皇恩体恤。然而就在这段期间，宋江却似是笃定了心思，在班师返赴汴京之时写奏上表，向官家报奏：
伏念臣江等愚拙庸才，孤陋俗吏，往犯无涯之罪，幸蒙莫大之恩。高天厚地岂能酬，粉骨碎身何足报！股肱竭力，离水泊以除邪；兄弟同心，全忠秉义，护国保民。京东路鏖战萧唐贼军，扬子江力阻摩尼教众，虽竭力效死，怎奈屡尝败绩，覆军杀将，羞于表奏微功上达，奈缘痛失兄弟手足.....臣江日夕忧怀，旦暮悲怆，伏望天恩，俯赐圣鉴，使已殁者皆蒙恩泽，在生者得庇洪休。谨录存殁人数，随表上以闻。臣江乞归田野，愿作农民，实陛下仁育之赐。臣江等不胜战悚之至！
宋江如此上奏，倒也教赵佶想通了如何安置他麾下残余头领的方式。那些生还而受朝廷招安的头领，若是各授名爵，教子孙者，承袭官爵，或是敕赐立庙，所在享祭也不必再想了，赵佶遂朱笔一挥，批复奏书，传谕道：宋江等部下，但凡殁于王事者，朕命各坟加封，不没其功。而宋江纠集贼党虽犯罪恶，自有所由，亦有引部归顺、弃暗投明之功，朕察其衷情，也感怜悯。自招安后引军诸般战事功过相抵，圣恩优恤，赦免本罪，赐金银二百两、锦缎十表里，其余正副将佐，各赐金银百两、彩缎五表里，余部军卒，赐钱五十贯、绢十匹，各令回乡，为民当差......
换而言之，朝廷的意思就是告诉宋江你麾下那些为国战死的头领，自会许他们一个名分，至于你们这些生还的，当官是再没指望了，许以你们一些封赏过后，各回各家、复为良民，以为也莫要再做绿林啸聚，与朝廷作对的大罪了。
宋江在得了官家的降旨批复过后，心中也是蹉叹感慨，与麾下兵马迤逦行至汴京之日，却正是就此散伙返乡，解甲归田的时日。离别之日，宋江与追随在他左右仅剩的几个兄弟大醉一场，次日便与宋清、李逵两个挑担御物、行李、衣装、赏赐，离了东京，也算是衣锦还乡，离了京师，回归故里。
只不过京东路济州郓城县宋家村，距离水泊梁山甚是邻近，宋江毕竟是与萧唐做过对头彼此厮杀鏖战过的。就算萧唐不来寻他，只怕宋江也会顾虑到梁山泊未必不会有人要与他算算旧账，遮莫也要变卖家产，搬迁至其它去处安住了。
除了李逵仍旧追随在宋江身边甘愿做一帮闲，至于吴用、戴宗、董平、杜壆、朱富等人被赦免原罪之后，散落各处，暂时不知所踪。
当方腊统领的江南摩尼教起义仍是以覆灭告终，而朝廷对于宋江算是不赏不罚，遣散了他麾下残余头领、兵马的消息传到了京东路水泊梁山这边时，萧唐一时有感，也是喟然叹道：“时人苦把功名恋，只怕功名不到头...而宋江并没有得擢升封赏，却要反遭朝中权奸记恨猜忌......昔日江湖是非皆成了过眼云烟，实则对于他而言，这也算得上是一个更好的归宿了吧？”