袁世凯想到要在张作霖与冯麟阁之间挑起一番战斗，保证能够制衡关外从而获得对自己最有利的机会。不过这次选的人有些不太合适，段芝贵实际上就是个大草包，让他办的事情貌似一次都没有办成过。袁世凯心里也有些不放心，但是恐怕除了段芝贵以外其他人更不合适。段芝贵原本就督理奉天，现在让他回去是名正言顺的，如果派其他人过去，那么想要接管奉天的意图太过明显，不用说精明的张作霖，就是普通老百姓也能够看出这是派人去盯着他们。除此之外，段芝贵还有另外的一层关系，他老爹段有恒，乃是当年张作霖接受招安时的保人，有这层关系才是段芝贵的护身符，派其他人去不保险，搞不好去的时候是大活人回来的时候就已经钉进棺材板里了。当初也是因为段芝贵的这层关系才让他去奉天的，只是后来段芝贵表现不佳一直哭诉在奉天受的委屈，觉着派错了人，现在想来，或许让他去奉天是最正确的 选择。
袁世凯想要给段芝贵一些锦囊妙计，可惜他不是诸葛亮，再加上段芝贵就算是得到锦囊妙计也未必能够灵活运用，说白了也就是他未必能够玩儿的过张作霖。因此不如让段芝贵只是在奉天坐镇，不需要多做什么事情，如此一来奉天那帮有保皇思想的人还能够暗中支持，分化张作霖的势力。
袁世凯终于放松了一些，关外的事情能够解决，现在只要专心对付南方也就是了。说起来，南方总是不太平，早先跟大清叫板但也是他们，再往前，太平天国也是那边儿，真是不让人安生。袁世凯对奉天的事情已经放心，盯着地图看着南边。暗暗琢磨蔡锷的路线，于是，当天晚上，袁世凯派其亲信、6军参谋次长陈宦督理四川军务。陈宦以四川兵少难以镇慑为由，将中央直属第四、十三、十六混成旅带进四川。战前，连同川军两个师两个混成旅及各地警卫部队，在川军队总数已达四万人。其驻防地点为：川军周骏第一师驻重庆、泸州，刘存厚第二师驻永宁、成都，黄鹄举第一混成旅驻江津，钟体道第二混成旅驻顺庆，北洋军伍祥祯第四混成旅驻叙州，李炳之第十三混成旅驻綦江，冯玉祥第十六混成旅驻内江。
蔡锷将军分析了四川的情况后认为：守叙州的旅长伍祥祯是云南人，不会与护**死战；守永宁的第二师师长刘存厚已与护**暗中联络，拟伺机响应；可能与护**一战的仅有周骏第一师和冯玉祥第十六混成旅，而冯玉祥并非真心拥袁，他只是摄于袁世凯的威严不敢反抗罢了，一旦袁世凯不再，没有人压得住他；周骏则不服从陈宦的调动。整个四川防务简直满满的漏洞，根本不值一提。在这种形势下，只要护**趁北方援军未抵川黔以前，战决，夺占川边几个战略要地，进而控制四川，是完全有可能的。
于是，蔡锷将军分兵二路进攻四川，把攻击重点放在泸州。以第一梯团长刘云峰指挥的邓泰中、杨蓁两支队为第一军左翼，出昭通，取叙州，伺机进迫成都；蔡锷亲率赵又新、顾品珍之第二、第三梯团为中路，出叙永，取泸州，得手后顺江而下，进攻重庆。第一军右翼为黔、滇军。戴戡率滇军徐进先遣纵队东趋贵州，敦促贵州护军使刘显世起义讨袁。贵州独立后，即委戴戡为第一军右翼军总司令，令率滇军一个支队、黔军两团，出松坎，攻綦江，威胁重庆。
蔡锷将军原想集中第一军主力，潜动秘行，以突然动作一举突破泸州或叙州，然后乘势东取重庆，与北洋军周旋于巫峡夔门以外。但由于各种原因，第一军形成三路出击，分散了力量；又由于云南兵马未动就公开宣战，因而破坏了秘密接敌、突然袭击的作战企图。加之各梯团向战区运动度太慢，致使护**主力尚未赶到泸州，袁世凯派往四川的北洋军已先期到达，战场形势生了不利于护**的变化。这一消息传回京城，众人为之振奋，唯独袁世凯只是点了点头，护**还没被歼灭呢，有什么好兴奋的。
却说护**第一军左翼第一梯团两支队出最早，邓泰中第一团离开昆明向叙州进，五天以后，杨蓁率第七团也离开昆明前往川边。该两团在行军途中，才接到改为护**第一梯团第一、二支队的电报，两部顺利通过盐津县，抵达滇川接壤之新场。驻守叙州的北洋军第四混成旅旅长伍祥祯，早已派出军队在新场及纵深设防，但未注意重点控制险关要隘。因此，双方在新场交战，北洋军一触即溃，护**连占燕子坡、黄坡耳、捧印村等要点。次日凌晨又占领横江城。当天，护**分兵两路，向安边镇推进，次日中午动进攻。第一支队沿横江从正面进攻；第二支队东渡横江，又北渡金沙江攻敌侧背，北洋军弃安边向柏溪镇和叙州逃窜。护**乘胜追击，攻克柏溪镇，直逼叙州。三天后，伍祥祯放弃叙州，向自流井方向退却，叙州遂为护**占领。叙州乃是是云南入川的重要通道，沿途山势险峻，河流湍急，若伍祥祯部凭险固守，将给护**造成极大困难。左翼护**如此顺利地占领叙州，颇出意料。
叙州失守，袁世凯大为震怒。恰巧这时候段芝贵传来密报，他虽然尚未抵达奉天，但是奉天的局势已经有些紧张，冯麟阁给他的书信里都透露着一股子不满的劲儿。袁世凯正在气头儿上，看到这封信气的撕了个粉碎。片刻之后，袁世凯下令褫夺伍祥祯川南镇守使职务，责令戴罪立功。
四川将军陈宦本来对叙州失守就颇为震怒，这次听说袁世凯也怒了，赶紧悬赏五十万元，下令各部分四路向叙州反攻：伍祥祯率残部由自流井回攻叙州北，朱登五率巡防军十二个营由犍为进攻叙州西；冯玉祥率第十六混成旅由江安、南溪进攻叙州东，并分兵一部绕高县进扰叙州南；另派亲军团长倪文翰率兵一团另二营，由成都乘船，顺岷江而下，参加反攻叙州作战，各路合兵一处有近万人。
伍祥祯部先由北面迫近叙州，护**梯团长刘云峰令第一支队前出至宗场进行阻击，继又令杨蓁率第二支队前往助战。双方激战两日，相持不下。刘云峰急调第二支队预备队田钟谷营，由宗场赶赴叙东之白沙场组织防御，宗场部队拚死作战，至深夜始将敌击退。冯玉祥率两混成营由泸州日夜兼程，刚刚抵达白沙场，旋即遭到护**田钟谷营的阻击。战斗了两天，冯旅伤亡颇重，渐渐不支于是撤往泸州，撤退途中遭到已宣布讨袁的川军刘存厚部的截击，死伤惨重。
袁世凯接到冯玉祥部损失惨重的电报之后，大敢震惊，冯玉祥是什么样的人他很清楚，对于冯玉祥这支队伍他也是非常了解，吃了这样的败仗着实有些想不明白。不禁感叹胡**这次当真不好对付。至于刘存厚，袁世凯早就意料到他会反叛，平日里跟唐继尧走的那么近，怎么可能不受他的影响。
护**击败冯玉祥后不久，由成都顺江而下的陈宦亲军倪文翰部，又在犍为以南登6，进窥叙州。刘云峰一面令城内守军抗击敌人，一面急调叙东部队沿江西进，从吊黄楼渡到岷江南岸，抄袭敌军后路，五日战斗之后又击败了由屏山方向犯叙的川军朱登五部。至此，护**第一梯团利用袁军缺乏统一指挥和协同动作的弱点，激战七八昼夜，终将四路敌人各个击破，挫败了陈宦反攻叙州的计划。冯玉祥旅乘隙由自流井进攻叙州。刘云峰率部凭险抗击，终因兵单不敌，放弃叙州，退守横江。
然而冯玉祥居然也有反对袁世凯的想法，居然出人意料的忽然响应云南讨袁之意，在进占叙州后，即顿兵不前，叙州方面的战局遂成相持状态。袁世凯催促了一次，冯玉祥只是答应但是仍按兵不动。袁世凯也干着急。
袁世凯料定护**下一部将攻打泸州，于是电告陈宦，泸州有失，你提头来见。陈宦这一次果然拼命，护**虽然认为自己是出敌不意攻击泸州，然而陈宦早就做足了安排，因此泸州守住了。袁世凯这次立马奖励五千大洋给陈宦，以安军心。
蔡锷赶到纳溪前线，研究了前线形势，决定对纳溪动攻势。以右翼何海清支队为主攻部队，向朝阳观方向实施突击，其它各支队均依托现阵地牵制当面敌人，同时集中炮火压制朝阳观之敌，支援何海清支队作战。护**企图以集中火力的方式，先突破袁军左翼阵地，为全面反击打开缺口。与护**反击行动几乎同时，袁军为打破战场僵局，命川军团长刘湘率所部从长江北岸的石棚向纳溪对面运动，企图抄袭纳溪护**的侧后。蔡锷闻讯后，立即令何海清所部拨出一营，于当夜秘密渡江，协同已在江北的刘存厚师一个营，驱逐江左之敌。护**迅击退了刘湘团，占领了石棚附近之方山，以保障护**翼侧的安全。然而由于刘湘团的袭扰，蔡锷企图先突破袁军左翼阵地的作战计划未能实现。
纳溪战线稍趋稳定后，蔡锷对指挥人员作了必要的调整。鉴于董鸿勋初战失利，撤销其第三支队支队长职务，改由第六支队长朱德接任，第六支队长则由第三梯团参谋长王秉钧补任。为确保反击作战顺利进行，蔡锷与刘存厚亲自带领督战队，在进攻部队后面督战，明令“凡无命令后退者，立即当地枪毙”。
护**在左起长江边右至双河场绵亘十余里的战线上，冒着绵绵细雨，不顾料峭春寒，夜以继日地奋力猛攻，多次与敌短兵相接，白刃格斗。经数日激战，护**虽在左右两翼取得一些进展，但由于袁军兵力较厚，注意纵深设防，并占据石保沟、朝阳观等险要据点，以致始终未能攻破敌之正面阵地。这次作战，护**虽予敌以重大杀伤，但本身也伤亡和失踪不下千人，兵力大为减弱。蔡锷感慨地说：“此三星期之剧战，实吾国有枪炮后之第一战也。”。
护**几次反攻均未能达到预期目的，且因连日激战，官兵伤亡颇重，弹药消耗殆尽，又得不到后方接济，形势极为严重。此时，罗佩金、刘存厚等人“深以子弹不给，士气不扬，疲劳太甚为虑”，建议暂时退却。
蔡锷起初不以为然，认为退却对战争全局影响甚大，恐一退而不可收拾。但是实在经不起部下多方促迫，于是下令后撤。这是护**讨袁以来第一次大规模撤退。事实上撤退这种事情有第一次就有第二次，第一次撤退之后想要再打出漂亮仗几乎是不可能的。正如人生也是一样，妥协了第一次之后，后面便会不停的妥协。
北洋军在第一阶段作战中，虽然依仗兵力优势，取得了一些胜利，但也付出了很大的代价。北洋军遇到的主要困难，除士气低落外，就是对战场条件不适应。川南地区山高林密，地形复杂，且时值气候多变，雨雪连绵。在北方平原地区训练出来的北洋军，来到崎岖泥泞的山地作战，经常打滑跌胶，行动非常困难。据称，北洋军进入川南以后，由于山路险窄，所有枪炮弹药和急需物品均雇民夫抬运，6炮每尊需民夫七十人，山炮每尊需三四十人，一个混成团需民夫一千一百余人，以致一个营开进，行军长径十余里。由于地形不熟，机动困难，所以护**退却时，北洋军只占领了纳溪等地，未敢继续追击。
这件事在后来袁世凯自觉不适，叫来徐世昌、段祺瑞等人 时，一再说明。但是段祺瑞反问了一句，“明知道咱们多半都是北方士兵，为什么非得派到川南 去作战。”袁世凯一是被呛，竟无言以对。但是心里却在暗骂，当初战斗的时候你在什么地方？！现在反倒质问起我来了。实际上段祺瑞反对袁世凯称帝，早就被迫辞去多日，这一次如果不是黎元洪等人力邀，他也不会来见老袁。